蜀汉时期，诸葛亮征南，改益州郡为建宁郡。诸葛亮曾在今县城东南关岭上设“本征部”与当地“南蛮”会盟，并立会盟碑，寻甸称仲札溢源部，为僰刺二个少数民族的分布地区。[2]
魏晋南北朝末时，寻甸属河州郡。晋泰始七年（公元271年），武帝司马炎把原来益州的建宁、兴古、云南及交州的永昌这四郡合为宁州，统四十五个县。寻甸属建宁郡，为牧麻县（牧麻即秦汉时的牧靡，靡；音麻）。
南朝大宝二年（公元551年），爨地分为东西二境，东爨境内的民族以“乌蛮”为主，习称东爨乌蛮，西爨境内民族以“白蛮”居多，习称西爨白蛮。东西二爨的范围，据樊绰《云南志》记载，今曲靖、昆明、马龙、晋宁、玉溪地区、安宁、禄丰为西爨的腹心地区；今昭通地区、泸西、寻甸、嵩明、南至建水为东爨之地。寻甸处于东西二爨之间，为“乌蛮”“白蛮”的杂居地。大宝元年（公元550年），东川、会泽一带的“乌蛮”首领新丁夺取寻甸，传至四世孙时，寻甸称为新丁部。
唐武德元年（公元618年），寻甸称升麻。
唐天宝九年（公元750年），蒙氏立六诏，寻甸因新丁讹为浔甸部，改升麻为寻甸，寻甸之名始见于史书。南诏兴起，势力逐渐从滇西发展到滇东，对原来的东爨“乌蛮”进行统治。南诏叛唐后，寻甸“乌蛮”势力发展，自成一部，称为仁德部（仁地部、新丁部），为南诏三十七蛮部之一。
五代后晋天福元年（公元936年）寻甸部改为仁地部，西部为沙摩部。
南宋立仁德万户府。
元至元八年（1271年）改称仁德府，后改浔甸府、州。
明洪武十五年（1382）仁德府个改为浔甸军民府。
明德宣六年（1431）浔甸军民府改为仁德府，领马龙、高明二县，复为美、归厚二县。
明成化十二年（1476）仁德改为寻甸府，划出马龙、高明二州，裁为美、归厚二县为二十马头，编户七里。“改土归流”，设置流官。
清康熙八年（1669年）改浔甸州，属曲靖府。清雍正八年（1730），置迤东兵备道，后又改为迤东兵备道兼水利道，道台驻寻甸县城，管辖13府。民国1912年以此地多水患，故众议删去水点，改为寻甸。民国二年（1913）降州为县，设寻甸县。
新中国建立后，属曲靖专区管辖，1956年设寻甸回族自治县。1958年嵩明、寻甸合并，仍称寻甸县。1960年撤销寻甸回族自治县，称寻甸县；1961年又恢复为嵩明、寻甸两县建制。1979年1月成立寻甸回族彝族自治县。1979年12月20日，正式成立寻甸回族彝族自治县，仍属曲靖地区。
1998年12月6日，曲靖市管辖的寻甸回族彝族自治县划归昆明市管辖。

寻甸的名优土特产主要有清真牛干巴、板栗、蜂蜜等，农产品有玉米、稻谷、洋芋、荞子、大豆、烤烟、油菜、小麦、大麦、蚕豆、芸豆，其中烤烟、芸豆、洋芋等在国内外均占有一定市场。清水海引进北欧先进养鳟模式，培养出红肉彩虹鳟鱼。清海村委会建设1080亩车厘子生产示范基地。

旅游